Sejarah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Manado di Sulawesi Utara tidak dapat dilepaskan dari perjuangan para pemimpin Muslim di wilayah ini.
Pada tahun 1988, beberapa pemuka umat Muslim di Manado mendirikan sebuah lembaga pendidikan tinggi Islam. Lembaga tersebut diberi nama Institut Agama Islam (IAI) Manado. Di kala itu, proses pendidikannya dilaksanakan di gedung sekolah Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) (sekarang menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Model Manado.
Pada tahun 1990, IAI Manado diasiliasikan dengan Fakultas Syari’ah IAIN Alauddin (sekarang UIN) Makassar. Sejak tahun 1994, Fakultas Syari’ah IAIN Alauddin menempati lokasi permanen di daerah Perkamil dan tidak lagi menumpang di gedung PGAN Manado.
Melalui Keputusan Presiden Nomor 11 Tahun 1997 dan Keputusan Menteri Agama Nomor 197 Tahun 1997, Fakultas Syari’ah Filial IAIN Alauddin ini menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Manado dan resmi terpisah dari lembaga induknya, yakni IAIN Alauddin Makassar.
Sejak tahun 1997, STAIN Manado menjadi satu-satunya perguruan tinggi Islam Negeri di Sulawesi Utara.
Setelah beroperasi kurang lebih 18 tahun lamanya, pada bulan November tahun 2015, STAIN Manado beralih status menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Manado berdasarkan Peraturan Presiden RI Nomor 147 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Manado menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Manado.
Lokasi kampus IAIN Manado berada di bagian timur Kota Manado, tepatnya di Kelurahan Malendeng, Kecamatan Paldua. Pembukaan jalur ringroad yang menghubungkan beberapa daerah di Sulawesi Utara, seperti Kota Manado dengan Kabupaten Minahasa Utara dan Kota Bitung, menjadikan IAIN Manado berada di lokasi yang sangat strategis. Jalur ringroad Manado adalah jalur paling penting menghubungkan Kota Manado, Bandara Internasional Samratulangi, Kota Bitung, Minahasa, Tomohon, Tondano serta daerah lainnya di Sulawesi Utara.
Pada mulanya kampus IAIN Manado hanya menempati area seluas 4 hektar, namun pada tahun 2009, luas tanah bertambah 5 hektar, sehingga menjadi total 9 hektar. Tanah tersebut telah mendapatkan sertifikat dari Badan Pertanahan. Dari keseluruhan luas area yang tersedia, baru sekitar 40 persen yang telah ditempati berbagai bangunan sarana dan sarana, baik untuk ruang kuliah, aula, gedung perkantoran dan lapangan olah raga (volyball, tenis lapangan, dan futsal).
Mahasiswa IAIN Manado berasal dari berbagai daerah di Sulawesi Utara dan sekitarnya. Di antaranya adalah Kota Manado, Kota Tomohon, Kabupaten Minahasa Induk, Kabupaten Minahasa Selatan, Kabupaten Minahasa Utara, Kabupaten Minahasa Tenggara, Kabupaten Sitaro, Kabupaten Talaud, Kabupaten Bolaang Mangondow Induk, Kota Kotamobagu, Kabupaten Bolaang Mongondow Timur, Kabupaten Bolaang Mongondow Utara, dan Kabupaten Bolaang Mongondow Selatan.
Ada juga mahasiswa IAIN Manado yang berasal dari berbagai daerah di Provinsi Gorontalo, Kepulauan Maluku, terutama Ternate, Makassar, dan bahkan Papu Barat. Karena itu, komposisi mahasiswa IAIN Manado sangat plural dari berbagai latarbelakang suku dan daerah. Di antaranya, suku Minahasa, Bugis, Ternate, Bolaang Mongondow, Jawa, Madura, Sunda, Arab, Minang, Gorontalo, dan Ambon.